Alternative all'etidio bromuro per la colorazione di piccoli acidi nucleici?

Domanda:

2012-01-03 21:35:28 UTC

Anche se il bromuro di etidio funziona bene per la colorazione di molecole di RNA a filamento singolo o di DNA a doppio filamento più grandi, non macchia molto bene gli acidi nucleici più piccoli. Ho osservato che a circa 20 basi e al di sotto degli acidi nucleici a filamento singolo sono difficili da vedere con la colorazione EtBr a meno che gli acidi nucleici non siano altamente concentrati.

Quali sono buone alternative per osservare i piccoli acidi nucleici nei gel di poliacrilammide? La considerazione principale sarebbe la facilità d'uso e dovrebbe essere possibile senza apparecchiature insolite.

Due risposte:

harpalss

2012-01-04 00:16:23 UTC

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Un elenco di coloranti è disponibile qui e un elenco di coloranti specifici per acidi nucleici è disponibile qui. Penso che tu abbia due scelte per il gel di acido nucleico SYBR Gold (S11494) che può essere rilevato alla luce UV (non sono sicuro che possa essere usato con gel di poliacrilammide). L'altra opzione che può essere utilizzata con i gel di poliacrilammide è la colorazione del gel SYBR Green II RNA (S7564, S7568, S7586), questa macchia può essere rilevata con la luce UV post-elettroforesi. Indica RNA nel nome ma può essere utilizzato anche per ssDNA.

Spero che questo aiuti

bobtheowl2

2012-01-04 07:44:34 UTC

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Penso che anche GelRed o GelGreen siano un'opzione. Affermano di essere più sensibili dell'EtBr e certamente meno tossici (anche più di SYBR Green). Tuttavia, non li ho usati personalmente contro un prodotto così piccolo. GelRed ha fondamentalmente le stesse lunghezze d'onda di eccitazione / emissione di EtBr, quindi non è necessaria alcuna modifica dell'attrezzatura.

Scheda prodotto

Link negozio

Ho sentito diverse persone lamentarsi del fatto che GelRed sia meno sensibile di EtBr. Inoltre, un interessante post sul blog sulla tossicità di EtBr e SYBR Green: http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html.

Interessante. Non ho fatto un confronto quindi non posso parlare in un modo o nell'altro. Ma ricordo un articolo simile qualche tempo fa che diceva una cosa simile (EtBr non è così male come pensi, e SYBR Green non è davvero una "alternativa più sicura" come pubblicizzato).

Non esiste una macchia fluorescente di DNA "sicura". Il colorante funziona intercalandosi tra i nucleotidi nel DNA e rimane lì. Se quel segmento di DNA viene successivamente copiato o letto, causerà errori. A parte questo, una molecola di EtBr si intercala in media tra uno dei tre nucleotidi (1 EtBr / 3 basi). L'intensità del segnale per EtBr o altri coloranti è direttamente proporzionale alla massa e alla lunghezza del DNA.

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