Esistono due tipi di intossicazione alimentare:
Intossicazione alimentare
Questo è il caso in cui si consuma cibo contaminato da alcune tossine e quelli sono responsabili dello sviluppo dei sintomi di avvelenamento. Gli organismi di origine di queste tossine potrebbero non essere più presenti (uccisi dal riscaldamento durante la cottura, per esempio). In questo caso non vi è alcuna massiccia invasione di organismi estranei nell'intestino.
Tossico-infezione alimentare
Questo accade se mangi il cibo contaminato da microrganismi, e questi iniziano a proliferare massicciamente nel tuo sistema alimentare causando i sintomi di avvelenamento. L'assunzione massiccia di batteri (anche 2-3 cucchiai di cibo contaminato potrebbero contenere milioni di batteri, come Staphilococcus nei latticini contaminati). In questo caso l'equilibrio della microflora intestinale è drasticamente modificato a causa dell'introduzione di una notevole quantità di microrganismi estranei.
Quindi, anche l'avvelenamento sembra essere "minore" (ad esempio, i suoi sintomi non sono così drammatici) , potrebbero esserci quantità diverse di batteri che invadono l'intestino.
Il secondo punto importante qui è l'aumento dello svuotamento dell'intestino dovuto alla diarrea che porta al lavaggio di alcuni dei batteri "buoni" dall'intestino , soprattutto in caso di diarrea abbondante. I nuovi batteri non sono necessariamente quelli presenti nella normale microflora e ci vogliono giorni o addirittura settimane prima che la microflora raggiunga di nuovo l'omeostasi.
Un ultimo punto: anche senza avvelenamento, la microflora varia e la quantità di diverse frazioni batteriche possono variare nel tempo. Questo è normale e dipende dalle tue abitudini alimentari, dal tuo ambiente, dallo stato immunitario e da molti altri fattori.