Domanda:
Perché è stato così difficile decodificare il genoma del mais?
Gabriel Fair
2011-12-24 11:52:25 UTC
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I miei insegnanti crescendo mi hanno detto che era impossibile decodificare il genoma del mais. Ma ancora è stato fatto.

Perché la decodifica del genoma è stata così significativa e cosa l'ha resa così difficile?

Se ricordo bene: è enorme e ha molte regioni ripetitive. È molto difficile mettere in sequenza con precisione le ripetizioni * de novo * con alta fedeltà.
Due risposte:
#1
+23
Damian Kao
2011-12-24 12:48:36 UTC
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La risposta breve è che il genoma del mais è grande e presenta un'enorme quantità di eventi di duplicazione. Circa l'80% del genoma viene ripetuto. È difficile assemblare genomi con una grande quantità di duplicazioni perché la nostra tecnologia di sequenziamento, praticamente, nella migliore delle ipotesi può fornire ~ 500 coppie di basi. La determinazione dell'ordinamento delle regioni duplicate si basa su sequenze di scaffold o assemblaggio comparativo al genoma del riso.

#2
+9
chkuo
2012-01-06 00:13:34 UTC
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Perché la decodifica del genoma è stata così significativa? Perché la decodifica del genoma ci fornisce un quadro completo della composizione genetica di un organismo.

Cosa lo ha reso così difficile ? Le sequenze ripetitive menzionate da altre persone sono un problema principale. Immagina di provare a completare un grande puzzle con milioni di pezzi. Ogni pezzo rappresenta una sequenza di letture che otteniamo dall'esperimento. Se ci sono sequenze ripetitive nel genoma, fondamentalmente i pezzi che rappresentano queste regioni sarebbero molto simili (o addirittura del tutto identici). Indubbiamente, questo renderebbe il puzzle molto difficile da finire. Per dare una scala, il genoma del mais è ~ 2,3 miliardi di paia di basi e ogni lettura di sequenziamento è <1.000 paia di basi.



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