Domanda:
Codici genetici alternativi in ​​organismi appena sequenziati
Daniel Standage
2011-12-22 11:35:08 UTC
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Le variazioni del codice genetico standard sono piuttosto rare, ma poiché il costo del sequenziamento del genoma ad alto rendimento continua a diminuire, c'è una maggiore possibilità di scoprire ulteriori eccezioni. Detto questo, c'è una chiara enfasi nei progetti genomici sul sequenziamento dei nucleotidi (genoma e trascrittoma), con uno sforzo molto minore (se del caso) nel lavoro di proteomica (correggetemi se mi sbaglio).

Supponiamo di sequenziare il genoma di un nuovo organismo e di concentrarci completamente sul sequenziamento del genoma e del trascrittoma, niente proteomica. Supponiamo anche che questo organismo presenti lievi variazioni rispetto al codice genetico standard. Sarebbe possibile annotare questo genoma (per geni codificanti proteine) in modo completamente errato poiché il software di previsione genica non tiene conto di queste variazioni o sarebbe abbastanza ovvio? Cosa ti aspetteresti di vedere in questo caso?

La tua domanda è molto vaga. Puoi essere più specifico e / o più concreto? Esistono una dozzina di tecnologie di sequenziamento e ancora più variazioni al codice genetico.
Forse la vaghezza deriva dal fatto che non so cosa aspettarmi se stavo cercando di annotare il genoma di un organismo che utilizza un codice genetico alternativo. La mia domanda di base è: sarei in grado di dirlo? Non è chiaro dalla domanda originale?
Penso che sia una domanda chiara.
Tre risposte:
#1
+6
chkuo
2012-01-06 00:34:08 UTC
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Se l'organismo utilizza un codice alternativo, le sequenze proteiche previste includeranno sempre lo stesso tipo di errori di sostituzione degli amminoacidi. Questo modello dovrebbe diventare evidente quando si confrontano le proteine ​​con altri organismi. In realtà, il codice alternativo più comune utilizza UGA per il triptofano invece del solito stop. Se si commette l'errore di utilizzare il codice standard per questi genomi, i geni previsti diventerebbero altamente frammentati, quindi è quasi impossibile non notarli.

#2
+3
KAM
2011-12-22 19:45:44 UTC
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Hai ragione a essere un po 'preoccupato, specialmente per i genomi mitocondriali (dove i codici genetici non standard sono più prevalenti). Oltre all'uso di codici non standard, dovresti anche considerare la modifica dell'RNA (codoni modificati o nucleotidi cancellati / inseriti per spostare i frame di lettura) e aminoacidi speciali (ad esempio, selenocisteina). Nel complesso, l'enfasi sulla sequenza del DNA per dedurre la struttura delle proteine ​​è sicura nella maggior parte dei casi, ma non sorprendetevi delle differenze (per geni particolari o per interi organismi).

#3
+2
Thomas Ingalls
2011-12-22 13:09:47 UTC
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La risposta breve è sì, potresti finire con molti errori. Vedi qui per maggiori dettagli:

NCBI: "The Genetic Codes"



Questa domanda e risposta è stata tradotta automaticamente dalla lingua inglese. Il contenuto originale è disponibile su stackexchange, che ringraziamo per la licenza cc by-sa 3.0 con cui è distribuito.
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