Domanda:
Come puoi identificare se una persona è omozigote per un certo allele?
Pedery
2011-12-15 17:30:41 UTC
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Stavo pensando di avviare un piccolo progetto di ricerca privato. In questo progetto ho bisogno di scoprire se una persona è omozigote per un certo allele. La ragione di ciò è che sto davvero cercando di scoprire se ha una mutazione che gli faccia non produrre questa chemochina. Quindi ho bisogno di identificare in modo semplice quali persone sono "normali", quali persone hanno la mutazione in un cromosoma e quali persone hanno la mutazione in entrambi. Circa l'1% della popolazione presenta la mutazione in entrambi i cromosomi.

Un primer, AFAIK, non sarebbe in grado di distinguere tra persone eterozigoti e "normali".

Qualcuno sa come affrontarlo?

potresti usare una croce di prova ma potrebbe complicarsi :)
Non credo di avere tempo per allevare esseri umani;)
Una risposta:
nico
2011-12-15 18:17:15 UTC
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Potresti usare una strategia a 3 primer, in cui hai un primer comune, uno che amplifica solo l'allele mutante e uno che amplifica solo il wt. Questo può o non può essere fattibile a seconda del tipo di mutazione: il DNA delle persone eterogene amplifica entrambi i prodotti, mentre l'omozigote ne amplifica solo uno (wt o mutante). un gene per la mancanza di una chemochina non è necessariamente semplice.

Ad essere onesto, tuttavia, utilizzerei un approccio diverso: prendi le persone che non producono la chemochina e le persone che lo fanno (semplicemente dosaggio della chemochina nel sangue). Ora sequenzia il gene nei due gruppi e cerca le mutazioni.

Sì, è un approccio intelligente. Ma non penso (= non so se) il gene non funzionante avrà lo stesso aspetto in tutti gli individui. Poiché è una mutazione missenso / nonsense, probabilmente non ha una caratteristica chiara. Comunque, buon punto! +1
@Pedery: bene, allora il sequenziamento non sarebbe la strategia migliore in quel caso? Hai qualche informazione sulla mutazione o sul suo prodotto?
Non al momento. In questo momento sto cercando di ottenere una panoramica. Il sequenziamento non sarebbe davvero un'opzione perché voglio trasformarlo in un kit di test super facile, uno che non avrebbe bisogno di macchinari costosi e otterrebbe un risultato del test da una semplice gocciolina di sangue. Ma in effetti, la tua risposta è stata utile. Se non ottengo risposte migliori, contrassegnerò la tua come accettata.
A proposito, quale sarebbe lo scopo del primer comune? Se hai gli altri due primer, ti diranno comunque tutte le informazioni di cui hai bisogno, giusto?
No, hai bisogno di due primer per eseguire un'amplificazione PCR. Se hai solo un primer che va sull'allele mutante e uno che va avanti non avrai modo di amplificare nulla, poiché i due non si legheranno mai allo stesso DNA.
Ah, capito. Stavo pensando in serie di due primer per allele come un primer.


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Questa domanda e risposta è stata tradotta automaticamente dalla lingua inglese. Il contenuto originale è disponibile su stackexchange, che ringraziamo per la licenza cc by-sa 3.0 con cui è distribuito.
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